동의보감의 의의를 살펴보면,
1. 실용성을 중요시하는 과학적인 입장에서 당시까지의 최신 의학지식을 총망라하였다.

2. 일반 백성들이 우리 약재인 향약을 쉽게 이용할 수 있도록 약물 가운데 637개의 이름을 한글로 표기하였다.

3. 역대 고금의서 약 180여종의 의서들을 참고하여 그 요체를 정리해 놓아 환자를 진료하는 의사들의 의학학습과 연구에 매우 유용하게 활용하도록 하였다.

4. 허준은 우리 민족의학을 중국의학과 구별되는 자주의학으로 규정하였다. 허준은 우리나라가 단지 동쪽에 있다는 지역적인 이유에서가 아니라 독자적인 의학의 전통을 가지고 있다는 의미에서 우리 의학을 '동의'라고 불렀는데, 이것은 중국의학에 대한 한국 의학의 독립선언이라고 할 수 있다.

5. 중국, 일본, 대만 등지에서 수십 차례 간행되어 우리 의학의 세계화에 기여하였다.


왜 「동의보감」인가?

허준은 '우리나라는 동방에 위치해 있으나, 의약의 도가 면면히 이어져 내려왔다'고 하면서 우리나라 의학의 독자적 전통을 강조하여 우리나라의 의학을 '동의(東醫)'라 명명하였다. 동의라는 것은 중국의학에 존재하는 북의(北醫), 남의(南醫)와 대등한 의학을 말한다. 우리의 의학은 중국의학과는 전혀 다른 전통을 가지고 있는 독자적 의학이라는 의미를 강조한 것이다.'감(鑑)'이란 거울을 의미하며, 이것은 만물을 밝게 비춰주어 그 형체를 조금도 숨길 수 없다는 의미이다. 따라서 동의보감이란 '동의학의 내용을 모두 담고 있는 보배로운 거울'이란 의미가 된다.